בניגוד לאזרחות, "תושב קבע" הוא מעמד אותו ניתן לשלול בקלות רבה, יחסית. כדי שיישלל המעמד, די בכך שהתושב שהה מחוץ לישראל תקופה של שבע שנים או יותר, או קיבל מעמד של תושבות קבע או אזרחות במדינה זרה. כמובן ששלילת המעמד היא בעייתית ביותר כאשר מדובר בתושבי ירושלים המזרחית, המהווה, מאז ומעולם, את ביתם היחיד, וכאשר, במקרים רבים, אין לתושביה הפלסטינים של העיר מעמד בשום מדינה אחרת.

שלילת המעמד מתבצעת על פי חוק הכניסה לישראל והתקנות שהוצאו לפיו. זאת, על אף השוני הברור בין תושבי ירושלים המזרחית לבין אזרחים זרים, הנכנסים לישראל, מקבלים בה מעמד ואחר כך בוחרים מסיבות שונות לחזור למדינת מוצאם. שלילת מעמדם של תושבי העיר המזרחית משמעה אפוא שמדינת ישראל מתייחסת אל אותם תושבים כזרים ושוללת את אפשרותם לחזור ולהתגורר בעיר מולדתם.

כאשר משרד הפנים מחליט לשלול את המעמד מתושב או תושבת קבע, עליהם להגיש ראשית ערר ללשכת מינהל האוכלוסין בירושלים המזרחית, ואם משרד הפנים עומד בסירובו – יש להגיש ערר לבית הדין לעררים.

הליך אישורה של בקשה לאיחוד משפחות, בוודאי כאשר בני הזוג אינם נשואים, עלול להיות ארוך, מייגע, ולעיתים גם מתסכל. במהלך הליך זה על בני הזוג להמציא למשרד הפנים הוכחות רבות על קיומם של משק בית משותף וחיים משותפים. כך, על בני הזוג לספק חוזה שכירות, תמונות משותפות, מכתבים מקרובים וחברים המעידים על הקשר ביניהם, ועוד ועוד.

הבדיקה שמבצע משרד הפנים בדבר כנות הקשר בין בני הזוג היא רק אחת מסדרה של בדיקות אחרות המתבצעות במסגרת הבקשה לאיחוד משפחות, וביניהן בדיקת "מרכז חיים", והיעדר מניעה משטרתית או ביטחונית.

כאשר משרד הפנים לא מתרשם מ"כנות הקשר" בין בני הזוג, הבקשה תסורב ובן הזוג הזר יידרש לעזוב את ישראל בתוך זמן קצר. על מנת להימנע מפירוד כפוי בין בני הזוג יש להגיש ערר על ההחלטה ללשכת רשות האוכלוסין, ואם משרד הפנים עומד בסירובו, או אם לא מתקבלת החלטה בתוך זמן סביר – יש לפנות לבית הדין לעררים.

מוסדות להשכלה גבוהה בישראל רשאים להעסיק בארץ חוקר אורח, שהינו בעל תואר שלישי לפחות, באשרה מסוג "ב/1 חוקר/מדען", הניתנת על ידי רשות האוכלוסין וההגירה.
על המוסד המבקש להעסיק את החוקר להגיש את הבקשה לקבלת אשרה בלשכת רשות האוכלוסין, בצירוף המלצה של נשיא המוסד או של מי שהוסמך על ידו. בטרם תיבחן הבקשה, על המוסד לקבל היתר העסקה מיחידת ההיתרים ברשות האוכלוסין.
אם תאושר הבקשה, תינתן אשרה לשנה אחת בכל פעם, עד לתקופה מקסימלית של 4 שנים. בקשה להארכה של האשרה מעבר לתקופה של 4 שנים מחייבת המלצה של נשיא המוסד להשכלה גבוהה ואישור של רשות האוכלוסין, וזאת עד לתקופה מקסימלית של 63 חודשים.
ככלל, מקבלים בני המשפחה של החוקר, הנלווים אליו לישראל, אשרת תייר מסוג ב/2.

הגוף האחראי על מתן אשרות שהייה ועבודה בישראל (על פי החוק הישראלי, מזרח ירושלים נמצאת בשטח ישראל) הוא משרד הפנים. אולם, על מנת שמשרד הפנים ידון בבקשה מסוג זה הוא צריך לקבל המלצה חיובית מהמחלקה ליחסים בינלאומיים של משרד הרווחה והשירותים החברתיים.

לאחר שמשרד הרווחה ממליץ לאשר את הבקשה העובד יוכל, ככלל, להיכנס לישראל באשרת תייר (ב/2). בסמוך לאחר כניסתו יזומן העובד ללשכת משרד הפנים ושם, אם אין מניעה כלשהי, יקבל העובד רישיון עבודה מסוג "ב/1 כללי ארב"ל" (ארגונים בינלאומיים), אשר את תוקפו ניתן להאריך בהמשך.

יש לציין, שלעיתים אישורן של בקשות מסוג זה מתעכב בשל שיקולים פוליטיים, ובכלל זה הרצון להצר את צעדיהם של ארגוני סיוע הומניטאריים הפועלים בגדה המערבית ובעזה.

בהיעדר החלטה של משרד הפנים בבקשה למתן האשרה המבוקשת בתוך זמן סביר ניתן להגיש ערר לבית הדין לעררים.

רצועת עזה נמצאת כיום תחת מצור. על אף "ההתנתקות" של ישראל מהרצועה בשנת 2005, מוסיפה ישראל לשלוט באספקטים שונים של החיים בה: המים הטריטוריאליים, המרחב האווירי, המעברים היבשתיים, מרשם האוכלוסין הפלסטיני, ועוד. החל משנת 2007 הידקה ישראל את המצור על הרצועה.

בשל המצור, מוגבלות מאוד אפשרויות הכניסה לרצועת עזה והיציאה ממנה. בכל זאת, מדינת ישראל מאפשרת לבעלי דרכונים זרים, היכולים להראות כי נוכחותם ברצועה משרתת את צרכיהם של תושביה, להיכנס לרצועה על מנת להגיש סיוע הומניטארי. כך, בשל העובדה שמערכת הבריאות ברצועה על סף קריסה, מתאפשרת כניסתם של רופאים היכולים להעניק סיוע, בעיקר בתחומים בהם קיים מחסור בידע וברופאים מומחים.

הבקשה לכניסה לרצועה מוגשת למתאם הפעולות בשטחים ולמשרד התיאום והקישור הישראלי בעזה. במקרים בהם מסורבת הבקשה לכניסה לרצועה, או במקרים בהם לא נתקבלה תשובה תוך זמן סביר, ניתן להגיש עתירה לבית המשפט הגבוה לצדק.

תיקון שנעשה לחוק למניעת הסתננות מאפשר למשרד הפנים להורות על כליאתם של מבקשי מקלט ב"מרכז שהייה חולות". על אף שמרכז "חולות" מוגדר על ידי המדינה כ"מרכז שהייה פתוח", הרי מדובר, כמעט לכל דבר ועניין, בכלא, אשר מטרת השהייה בו היא הפעלת לחץ על מבקשי המקלט לעזוב "מרצון" את ישראל. על פי נוסחו הנוכחי של החוק, תקופת הכליאה המקסימאלית ב"חולות" עומדת על עשרים חודשים, ונשלחים אליו מבקשי מקלט מאריתריאה וסודן, על פי קריטריונים שרירותיים שנקבעו על ידי משרד הפנים.

לאחרונה פסק בית המשפט העליון כי על אף שהתיקון לחוק למניעת הסתננות הוא חוקתי, תקופת שהייה במתקן של 20 חודשים איננה מידתית ועליה לעמוד, באופן זמני, על שנה, ובינתיים על הכנסת לתקן את החוק.

על אף פסיקתו של בג"ץ, הרחיב לאחרונה משרד הפנים את הקריטריונים לכליאה ב"חולות". כתוצאה, קיבלו מבקשי מקלט רבים נוספים, מאריתריאה וסודן, הוראות להתייצב במתקן.

החוק, נכון להיום, איננו מאפשר לכלוא במתקן "חולות" קטינים, נשים, מי שגילם עולה על 60, מי שהם הורים לקטינים הסמוכים על שולחנם בישראל, ומי שמשרד הפנים שוכנע לגביהם כי שהייתם ב"חולות" תגרום נזק לבריאותם (כולל בריאותם הנפשית).

לפני שמשרד הפנים מוציא לאדם "הוראת שהייה" במתקן "חולות" הוא מחויב לזמנו לשימוע. במסגרת השימוע יש לטעון את כל הטענות הרלוונטיות נגד ההחלטה לכליאה במתקן. בשימוע ניתן להיות מיוצגים על ידי עורך דין ומומלץ מאוד לעשות כן. אם, לאחר השימוע, מחליט משרד הפנים כי יש לכלוא את מבקש המקלט ב"חולות" – ניתן להגיש ערר לבית הדים לעררים נגד ההחלטה.

משרד הפנים נוהג לסרב לבקשות לאיחוד משפחות מסיבות שונות, כמו, למשל, מניעה ביטחונית נגד בן הזוג תושב השטחים או בני משפחתו, מניעה פלילית או היעדר "מרכז חיים" בירושלים. בנוסף, מאז שנת 2003, בקשות לאיחוד משפחות שאינן עומדות בחריגים של חוק האזרחות והכניסה לישראל (הוראת שעה) מסורבות אף הן. כך, למשל, אם גילה של אשתך, תושבת הגדה, הוא פחות מ-25, הבקשה תסורב על הסף וכלל לא תידון.

על החלטה מסוג זה יש תחילה להגיש ערר למשרד הפנים ואם המשרד עומד בסירובו – יש להגיש ערר לבית הדין לעררים.